Медоносна, харчова, лікарська, отруйна, танідоносна, фарбувальна, олійна рослина. Чорнокорінь лікарський пізньовесняний і ранньолітній медонос, що дає підтримуючий взяток, сприяє нарощуванню бджолиної сім'ї до продуктивного взятку. Бджоли збирають з нього тільки нектар. Чорнокорінь — рослина дуже медоносна, 3-4 квітки дають стільки нектару, що його вистачає для наповнення медового зобика бджоли. Мед прозорий, безбарвний. Молоді листки чорнокореня можна вживати як овочі.
3 лікувальною метою використовують корінь і листки цієї рослини. У народній медицині чорнокорінь досить популярний, корінь його застосовують як заспокійливий, болетамувальний і відкашлювальний засіб та при кровохарканні і проносах. Зовнішньо його застосовують при фурункульозі, опіках, укусах гадюк, скажених собак, коли не можна подати швидку лікарську допомогу. Ця рослина отруйна: у насінні й коренях містяться алкалоїди циноглосин, циноглосеїн, консолідин. Циноглосин діє подібно кураре. Стеблі й листках теж містяться отруйні речовини (алкалоїди і глюкоалкалоїди), які сильно діють на нервову систему.
У гомеопатії застосовують есенцію з свіжих коренів, зібраних восени. Миші та пацюки не витримують запаху чорнокореня у свіжому (за іншими даними і у висушеному) вигляді, тому його часто використовують для вигнання їх з житлових та складських приміщень, із скирт. Часті отруєння овець, що закінчуються здебільшого смертю, спостерігаються при годівлі їх сіном з домішкою чорнокореня, скошеного після цвітіння. Чіпкі плоди чорнокореня пристають до овець і псують вовну.
Корені цієї рослини містять таніди (до 2,5 %), барвник алкалін, що використовується для фарбування тканин у червоний колір, а також смоли, гуміречовини, інулін. У листках і стеблах виявлено ефірну олію (0,1 %), а у насінні — напіввисихаючу жирну олію: у неочищеному насінні — до 26, а в очищеному — до 40 %.
Листя чорнокореня лікарського збирають під час цвітіння і висушують у добре провітрюваному приміщенні без доступу сонячних променів. Корені збирають восени або навесні.
