球囊菌門（學名：Glomeromycota，AM fungi），又稱聚合菌門、鏽球菌門，是真菌界的七個門之一，目前約已發現400種生物。聚合菌可構成陸生植物的叢枝菌根（英语：arbuscular mycorrhizas），這種共生構造可協助植物吸收土壤中的無機鹽，並據信是早期植物能適應陸地環境的重要關鍵[1]。超過八成的維管束植物都有由球囊菌構成的叢枝菌根，且在苔蘚植物等沒有真實根部構造的植物中亦有樹狀菌根，可見叢枝菌根在陸地生態系的重要性[2]。
共生關係
聚合菌可構成陸生植物的叢枝菌根（英语：arbuscular mycorrhizas），也因此被稱為「AM Fungi」[2]。許多證據顯示在此共生關係中，聚合菌是絕對共生菌，須依賴植物合成的碳及能量才能生存，但有對某些物種的研究表明聚合菌可能可以單獨存在[3] 。形成菌根的聚合菌廣泛的分布在全世界的土壤中，和植物的根（或苔蘚植物的假根）形成共生關係，它們也可以生存在鹽度很高的沼澤中，和附生植物形成共生關係。
一種稱為Geosiphon pyriformis的聚合菌（屬於球囊霉目）和藍綠菌中念珠藻屬的Nostoc punctiforme形成內共生關係，在此共生關係中，球囊菌形成多核的細胞，並將念珠藻屬的藍綠菌「吞入」。過去常以「Geosiphon pyrifome」稱呼此內共生體，但現在這個名稱只用來專指真菌，內共生體改以「Geosiphon symbiosis」稱呼。聚合菌-念珠藻的共生關係是目前發現的唯一一種真菌和藍綠菌的內共生關係，它不屬於地衣，因為它們涉及細胞內的連結，且就結構與演化上的證據而言這種關係比較類似叢枝菌根[2]。
在球囊菌-念珠藻共生關係中，還有一類功能不明、類似細菌的有機物（bacteria like organisms），由於這類有機物出現在球囊菌門的各分枝物種中，而被認為可能在演化的早期就已和聚合菌形成共生關係，並進一步演變成內共生[2][4]。
在整個系統中，念珠藻可獨立生存，所以球囊菌是義務性共生者，不過聚合菌除了與念珠藻形成叢枝菌根外，也可與植物形成樹狀菌根，這個說法尚未獲得證實，但已有若干證據支持[2]。
生殖
球囊菌門的菌絲體是多核的，通常採用無性生殖，在菌絲的末端產生直徑約80~500微米[5]的孢子（稱為Glomerospores）。在某些情況中，孢子生成後會進一步形成球囊狀的構造（saccule）[6]。
種系發生學
早期對於球囊菌門的研究多半著重在其型態及土壤中、菌根內外孢子堆的構造[7]「球囊菌門」的概念最早是在原囊黴屬（Acaulospora）及Gigaspora兩個屬被提出，並和接合菌門Endogonaceae下的Glomus屬[8][9]共同被提升為科，合為球囊黴目（屬於接合菌門）[10]。1998年Cavalier與Smith提出「球囊菌綱（Glomomycetes）」的概念，並將球囊黴目歸入其中（仍屬接合菌門）[11]。後來經Schüßler對該目下部分物種小亞基rRNA（SSUrRNA）的分析發現球囊菌目可自組一個門，便將其由接合菌門移出，新成立「球囊菌門」，又因發現有能產生類似球囊黴目孢子的種類應該屬於另一個更分歧的種系[12]，而新增了類球囊霉目（Paraglomerales）、原囊黴目（Archaeosporales）與多孢囊霉目（Diversisporales）三個目[6]，與念珠藻（Nostoc punctiforme）形成叢枝菌根的Geosiphon pyriformis即屬於原囊黴目。
現在的分類即是透過分子生物學的分析，不斷修正才定出的。對於本門物種的分類研究尚未完成，有待繼續研究，例如有些研究認為Glomus屬下的許多物種應被分到其他科[5]或屬[13]比較合適。
有研究分析各種真菌rDNA的序列，發現球囊菌門在演化上是雙核亞界的姊妹群[6]。
參考資料
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