В настоящее время киноринх рассматривают в ранге класса в составе группы Scalidophora. Класс киноринх подразделяется на два отряда[29]:
В настоящее время киноринх включают в состав клады линяющие (Ecdysozoa), что подтверждается как морфологическими, так и молекулярными данными. Однако стероидных гормонов линьки у них выявлено не было[4]. Наиболее близкие родственники киноринх — приапулиды, которые являются их сестринской группой. Раньше киноринх включали в состав группы головохоботные (Cephalorhyncha), которая также содержит приапулид, волосатиков и лорицифер. Однако, когда выяснилось, что волосатики более близки к нематодам, то приапулид, лорицифер и киноринх стали объединять в группу Scalidophora. Впрочем, её монофилия находится под вопросом[34].
Недавний молекулярный анализ в целом подтвердил традиционную классификацию киноринх, основанную на морфологических признаках. Однако он показал, что Cyclorhagida — полифилетическая группа, так как входящий в неё род Dracoderes, по-видимому, является сестринской группой Homalorhagida или даже входит в состав этого отряда. Монофилия Homalorhagida подтвердилась молекулярными данными[35].
В 2016 году был секвенирован митохондриальный геном двух видов киноринх — Echinoderes svetlanae и Pycnophyes kielensis. Порядок генов в митохондриальных генах у киноринх уникален для Metazoa и царства животных вообще. У обоих исследованных видов дуплицирован ген метиониновой тРНК[36].
Впервые киноринхи были описаны французским натуралистом Феликсом Дюжарденом. В 1841 году он собирал морских беспозвоночных на северном побережье в Бретани во Франции. В 1863 году найденное им животное получило название Echinoderes dujardinii Claparède, 1863[35]. В 1881 году оно было выделено в самостоятельную группу Kinorhyncha. После открытия первых киноринх несколько исследователей занялись описанием представителей этой группы, однако в силу новизны группы в их описаниях было много неточностей. В конце XIX — начале XX века К. Зелинка опубликовал ряд работ, в которых упорядочивал данные других исследователей и описал несколько новых видов киноринх[5]. Важный вклад в развитие систематики группы внёс американский учёный Роберт Хиггинс[en], описавший многие виды киноринх и, в частности, предложивший выделение семейства Zelinkaderidae[37]. В разное время киноринх относили к таким таксонам, как Aschelminthes[en], Nemathelminthes, Pseudocoelomata и Cycloneuralia. В 1994 году было предложено выделение группы линяющие, к которой был отнесён и этот класс[4]. Активное описание новых видов и родов киноринх продолжается и по сей день[38][39][40].
В настоящее время киноринх рассматривают в ранге класса в составе группы Scalidophora. Класс киноринх подразделяется на два отряда:
Отряд Cyclorhagida[en] (Zelinka, 1896) Higgins, 1964. Наиболее широко распространённый и разнообразный класс киноринх. У представителей отряда втягиваться может только первый зонит. Кутикула второго зонита (шейного отдела) подразделяется на 14—16 пластинок, которыми покрыт передний конец туловища при втягивании хобота. Туловище снабжено шипами, его сегменты округлые в поперечном сечении. Часто встречаются в морском иле и песке в приливно-отливной зоне. В отряде выделяют следующие семейства: Antygomonidae[en] Adrianov & Malakhov, 1994; Cateriidae[en] Gerlach, 1956; Dracoderidae Higgins & Shirayama, 1990; Echinoderidae[en] Zelinka, 1894; Semnoderidae Remane, 1929; Zelinkaderidae Higgins, 1990; Cyclorhagida incertae sedis. Отряд Homalorhagida[en] (Zelinka, 1896) Higgins, 1964. Относительно крупные киноринхи (до 1 мм). Могут втягиваться два первых зонита. Кутикула шейного отдела подразделяется на не более чем 8 пластинок. В роли замыкателя при втягивании интроверта выступает третий сегмент. Туловище несёт несколько шипов. Туловищные зониты треугольные в поперечном сечении. Обитатели морских илов. В отряде выделяют следующие семейства: Neocentrophyidae[en] Higgins, 1969; Pycnophyidae[en] Zelinka, 1896. Pycnophyes dentatus (отряд Homalorhagida)В настоящее время киноринх включают в состав клады линяющие (Ecdysozoa), что подтверждается как морфологическими, так и молекулярными данными. Однако стероидных гормонов линьки у них выявлено не было. Наиболее близкие родственники киноринх — приапулиды, которые являются их сестринской группой. Раньше киноринх включали в состав группы головохоботные (Cephalorhyncha), которая также содержит приапулид, волосатиков и лорицифер. Однако, когда выяснилось, что волосатики более близки к нематодам, то приапулид, лорицифер и киноринх стали объединять в группу Scalidophora. Впрочем, её монофилия находится под вопросом.
Недавний молекулярный анализ в целом подтвердил традиционную классификацию киноринх, основанную на морфологических признаках. Однако он показал, что Cyclorhagida — полифилетическая группа, так как входящий в неё род Dracoderes, по-видимому, является сестринской группой Homalorhagida или даже входит в состав этого отряда. Монофилия Homalorhagida подтвердилась молекулярными данными.
В 2016 году был секвенирован митохондриальный геном двух видов киноринх — Echinoderes svetlanae и Pycnophyes kielensis. Порядок генов в митохондриальных генах у киноринх уникален для Metazoa и царства животных вообще. У обоих исследованных видов дуплицирован ген метиониновой тРНК.